#计算机技术杂谈

====== GWAS中beta/or, se, p, zscore的换算 ======

摘自简书

[[https://www.jianshu.com/p/bc7ea3d4a22f]]

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对GWAS的summary文件进行整合时，经常需要在beta，or, se, p, zscore之间进行换算，故在此总结一下。希望对大家有帮助。

1. se 计算

1.1 有 beta、p ，计算se；

se=sqrt(((beta)^2)/qchisq(p,1,lower.tail=F))

1.2 有 or、p ，计算se；

se=abs(log(or)/qnorm(p/2))

2. zscore计算

2.1 有 beta、p ，计算zscore；

c=qnorm(1-p/2)

情况1：beta > 0，zscore = c

情况2：beta < 0，zscore = -c

2.2 有 or、p ，计算zscore；

c=qnorm(1-p/2)

情况1：or > 1，zscore = c

情况2：or < 1，zscore = -c

2.3 有 beta、se ，计算zscore；

zscore=beta/se

2.4 有 or、se ，计算zscore；

zscore=log(or)/se

注意：这里的se指的是log(or)的se，plink给出的se就是默认log(or)的se
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以上所有的公式换算均在R环境下完成的。